Mutacje NPHS2 w późnej fazie ogniskowej segmentowej stwardnienia kłębuszków nerkowych: R229Q jest powszechnym allelem związanym z chorobą ad 5

Analiza dostępnej sekwencji z ortologów genów NPHS2 wykazuje, że reszta argininy w pozycji 229 jest ewolucyjnie konserwowana od bezkręgowców (Drosophila melanogaster i Globodera rostochiensis) do kręgowców (ludzi, szczurów i myszy), co sugeruje ważną rolę Arg 229 dla struktury i funkcja (rysunek 1). W oparciu o wysoką częstość alleli R229Q w rodzinach FSGS i ewolucyjną konserwację tej reszty, uważamy allel R229Q za stosunkowo powszechny allel recesywny powodujący choroby, a nie łagodny polimorfizm. Wszystkie inne zidentyfikowane mutacje (Tabela 2) były nieobecne w 144 zbadanych chromosomach kontrolnych. Tabela 2 Podsumowanie częstości alleli dla wybranych typowych zaburzeń recesywnych Aby zbadać możliwość zmiany ekspresji lub stabilności transkrypcji R229Q, przeprowadziliśmy RT-PCR z użyciem obwodowych limfocytów RNA od pacjentów R229Q w celu amplifikacji fragmentu 274 bp zawierającego zmianę nukleotydową kodującą R229Q. , a następnie trawienie ClaI w celu rozróżnienia między dwoma allelami. Około 50% produktu RT-PCR zostało rozszczepione przez ClaI (w porównaniu z całkowitym trawieniem produktu RT-PCR z limfocytów kontrolnych), co sugeruje, że ulegają ekspresji oba allele R229Q i inne niż R229Q. Analiza Haplotypu allelu R229Q. Aby zbadać, czy allel R229Q pochodzi od wspólnego założyciela, genotypowaliśmy markery umieszczone w odległości centymetra NPHS2 i skonstruowaliśmy haplotypy poprzez kontrolę segregacji w obrębie rodziny. CA126 i NPHS2 znajdują się na wspólnym klonie BAC (GenBank AL160286), a zatem leżą w około 100 kb NPHS2. D1S3760 i D1S215 są również zlokalizowane w bliskim sąsiedztwie genu NPHS2, odpowiednio 100 i 200 kb, centromerowego i telomerycznego. Znaleźliśmy wspólny haplotyp choroby z liczbami alleli arbitralnie oznaczonymi 9-3-4 (na podstawie liczby powtórzeń (CA) n 192 bp, 156 bp i 206 bp) w markerach D1S3760, CA126 i D1S215 we wszystkich pięciu rodzinach nosił mutację R229Q (rysunek 2). Rozszerzyliśmy te badania, aby objąć 9 heterozygotycznych osób R229Q zidentyfikowanych z badanych kontrolnych i odkryliśmy, że te osobniki również mają wspólny haplotyp związany z chorobą 9-3-4. Stwierdzono, że częstości alleli związanych z R229Q, które badano w populacji kontrolnej wynosiły 0,181 (dla allelu 9 markera D1S3760, badane chromosomy 94), 0,179 (dla allelu 3 dla markera D1S215, dla zbadanych 140 chromosomów) i 0,28 (dla oznaczony allel 4 z testowanego chromosomu markerowego CA126; 134). Odległości znaczników definiują wspólne dziedziczenie wspólnego obszaru chromosomu o wielkości około 0,2 Mb. Sugeruje to, że wariant R229Q powstał we wspólnym przodku. Figura 2 Analiza za pomocą haplotypu dla markerów 1q25 otaczających gen NPHS2. Pokazano haplotypy chromosomów niosących mutacje kodujące R229Q. (a) kontekst genomowy użytych markerów. (b) Wskazano fragmenty haplotypów, które są całkowicie zachowane (ciemnoszare) i częściowo podzielone (jasnoszare). Kolejność i odstępy między znacznikami ramki są określane na podstawie bazy danych chromosomów Sanger Center (Genemap. 99 (www.ncbi.nlm.nih.gov/genemap). Markery CA126, CA1419 i D1S3760 pochodzą z BAC zawierających NPHS2 i dwa sąsiadujące geny SOAT1 (sterol-O-acetylotransferaza) i KIAA0475. Cent., Centromer; Tel., Telomery. R229Q w sporadycznym FSGS. Następnie genotypowaliśmy DNA od 91 dorosłych z pierwotnym FSGS dla wariantu podocin R229Q. Większość tych osób została potwierdzona przez prezentację nefrologom w północno-wschodnich Stanach Zjednoczonych. Zidentyfikowaliśmy jeden allel R229Q u 11 z tych osób (częstość alleli 6,0%). Nie zaobserwowaliśmy żadnych osobników homozygotycznych. Genotypowaliśmy również DNA z trzech grup kontrolnych. Okazało się, że mutacja R229Q występuje w populacjach badanych z częstością alleli od 1,6% (1 z 64 alleli od osób pochodzenia afrykańskiego) do 3,1% (3 z 98 alleli od brazylijskich osobników) do 3,6% (9 spośród 248 alleli z w dużej mierze zachodni panel próbek DNA). Ten niewielki wzrost częstotliwości R229Q u pacjentów z FSGS nie osiąga istotności statystycznej. Ponieważ ten niewielki wzrost częstotliwości R229Q u pacjentów z FSGS można wyjaśnić podzbiorem tych pacjentów z chorobą recesywną (tj. Mutacją NPHS2 na drugim allelu), użyliśmy DHPLC i bezpośredniego sekwencjonowania, aby wyszukać inne mutacje NPHS2 w tych 11 sporadycznych pacjentów z FSGS z polimorfizmem R229Q. U dwóch z tych pacjentów zidentyfikowaliśmy drugą mutację NPHS2, w obu przypadkach poprzednio opisaną substytucję A284V (9). U dziewięciu pacjentów zaobserwowano jedynie pojedynczy polimorfizm R229Q. Wiązanie nefryny
[więcej w: rezonans magnetyczny kościerzyna, szpital psychiatryczny lublin, eve centrala ]
[patrz też: sanatorium krynica górska, szpital psychiatryczny lublin, eve centrala ]